Kyon, typowy licealista, ostatnimi czasy jest wciągany w coraz dziwniejsze sytuacje, których logiką nie jest w stanie wytłumaczyć. Razem z nieśmiałą i płochliwą Asahiną, małomówną książkarą Yuki i stoicko-radosnym Koizumim próbują przetrwać okoliczności do jakich doprowadza Haruhi, a te nigdy do normalnych nie należą.